每个人一开始都只是一个受精卵。到成年时,单个细胞已经变成大约37万亿个细胞,其中许多细胞每隔几个月就会不断分裂,产生相同数量的新鲜人体细胞。
但这些细胞面临着一个艰巨的挑战。平均每个分裂细胞必须完美地复制3.2个DNA碱基对,大约每24小时复制一次。细胞的复制机制在这方面发挥了惊人的作用,以每秒约50个碱基对的速度快速复制遗传物质。
尽管如此,这对于复制整个人类基因组来说还是太慢了。如果细胞的复制机器同时从46条染色体的顶端开始,它将在大约两个月的时间内完成最长的染色体1号,它有2.49亿个碱基对。
巴尔的摩约翰霍普金斯大学医学院的结构生物学家詹姆斯·伯杰(James Berger)说:“细胞绕过这个问题的方式当然是它们在多个点开始复制。”伯杰在2021年与人合著了一篇关于真核生物DNA复制的文章。酵母细胞有数百个潜在的复制起点,就像他们所说的那样,像老鼠和人这样的动物有成千上万个,散布在他们的基因组中。
“但这也带来了挑战,”伯杰说,“那就是,你如何知道从哪里开始,以及如何为每件事计时?”如果没有精确的控制,一些DNA可能会被复制两次,导致细胞混乱。
严格控制DNA复制的启动对于避免这种混乱尤为重要。今天,研究人员正朝着充分理解分子检查和平衡的方向迈进,这些检查和平衡已经进化,以确保每个起源都启动一次且仅一次DNA复制,以精确地产生一个完整的新基因组。
如果复制不能正确启动,可能会发生不好的事情。为了复制DNA, DNA双螺旋结构必须打开,由此产生的单链——每条单链都可以作为构建第二条新链的模板——很容易断裂。或者这个过程会被卡住。伦敦弗朗西斯克里克研究所(Francis Crick Institute)的生物化学家约翰·迪夫利(John Diffley)说:“你真的希望快速解决复制问题。”DNA复制过程中的问题会导致基因组紊乱,而这通常是导致癌症的关键一步。
一些遗传疾病也是由DNA复制问题引起的。例如,迈尔-戈林综合征,包括身材矮小,耳朵小,膝盖骨小或没有膝盖骨,是由几个基因的突变引起的,这些基因有助于启动DNA复制过程。
dna复制机制需要几十种蛋白质紧密协调,才能在细胞生命周期的正确时间点开始复制。研究人员对蛋白质的作用已经有了很好的了解,因为他们已经成功地在实验室的无细胞生物混合物中进行了DNA复制。他们用酵母中的蛋白质模仿了开始复制的第一个关键步骤——这种蛋白质被用来制作面包和啤酒——他们也用人类版本的复制蛋白质模仿了整个复制过程的大部分。
细胞通过两个步骤控制DNA复制的开始。整个过程的目标是控制一种叫做解旋酶的关键酶的作用,这种酶解开DNA双螺旋,为复制DNA做准备。在第一步中,非活性解旋酶被装载到DNA的起点,在那里开始复制。在第二步中,解旋酶被激活,解开DNA。
启动这一过程的是一个由六种蛋白质组成的簇,它们位于起源处。伯杰的研究小组发现,这个簇被称为ORC,它的形状像一个双层环,上面有一个方便的缺口,可以让它滑到DNA链上。
在研究DNA复制的科学家们最喜欢的面包酵母中,这些起始位点很容易被发现:它们有一个特定的,11到17个字母的核心DNA序列,富含腺嘌呤和胸腺嘧啶化学碱基。科学家们观察到ORC抓住DNA,然后滑动,扫描起源序列,直到找到正确的位置。
克里克研究所(Crick Institute)的结构生物学家亚历山德罗·科斯塔(Alessandro Costa)说,但在人类和其他复杂的生命形式中,起始位点并没有如此明确的界限,也不太清楚是什么让ORC安顿下来并抓住它。科斯塔和迪夫利在2022年撰写了关于DNA复制起始的文章。复制似乎更有可能开始于基因组——通常紧密缠绕在被称为组蛋白的蛋白质周围——松动的地方。
DNA复制开始于前一次细胞分裂和分裂的末端
持续到细胞周期的G1期。DNA合成发生在S期。一种叫做CDK的蛋白质的水平对确保DNA的复制至关重要
Nce和0
只有一次。当CDK水平较低时,解旋酶可以跳0
进入DNA并开始解开它。但是重复结合不会发生,因为CDK水平上升,这阻止了解旋酶再次结合。
一旦ORC附着在DNA上,它就会吸引第二种蛋白质复合物:一种包含最终会解开DNA的解旋酶的蛋白质复合物。科斯塔和他的同事们用电子显微镜研究了ORC是如何先引诱一种解旋酶,然后再引诱另一种解旋酶的。解旋酶也是环状的,每个解旋酶都打开来包裹双链DNA。然后两个解旋酶再次闭合,在DNA链上面向彼此,就像一根绳子上的两颗珠子。
起初,它们只是坐在那里,就像油箱里没有油的汽车一样。它们还没有被激活,现在细胞还在做它的日常工作。
当一种叫做CDK的关键分子挥舞着绿旗,启动化学步骤,吸引更多的蛋白质时,事情就进入了高速运转。其中之一是DNA聚合酶——科斯塔称之为“打字机”,它将构建新的DNA链,并与每个解旋酶相连接。另一些则激活解旋酶,它现在可以燃烧能量沿着DNA移动。
当这种情况发生时,解旋酶改变形状,推一条DNA链,拉另一条DNA链。这对通常由碱基(构成DNA阶梯的As、Cs、Ts和Gs)将两条链连接在一起的弱氢键造成了压力。两条线被扯开了。科斯塔和他的同事们观察了这两种解旋酶是如何解开它们之间的DNA的,他们也看到了解旋酶是如何保持未结合的碱基稳定和不受阻碍的。
一开始,两种解旋酶都缠绕在DNA的两条链上,它们不能像这样走得太远,因为它们是面对面的,只会撞到一起。但接下来,它们各自经历位置的改变,将一条DNA链或另一条DNA链从环中吐出来。现在它们被分开了,它们可以相互挤压,复制也在迅速进行。
每一个解旋酶沿着它的单链运动,方向与另一个相反。它们离开原点,在移动过程中把那些氢键碱基对拉扯开。DNA聚合酶就在后面,当DNA字母从它们的伴侣中解放出来时,它就复制它们。
CDK的第二项工作是阻止更多的解旋酶跳到起源上。因此,每个起始点都有一个复制开始,以确保基因组的正确复制——尽管复制并不是在每个位点同时开始。在人类细胞中,DNA复制的整个过程大约需要8个小时。
还有很多问题需要解决。首先,被复制的DNA并不是一个裸露的双螺旋结构。它包裹在组蛋白上,并附着在许多其他蛋白质上,这些蛋白质忙着打开或关闭基因,或制造基因的RNA拷贝。这些相互碰撞的蛋白质是如何相互影响并避免妨碍彼此的呢?
除了这个迷人的基础生物学——对地球上所有生命都至关重要的非凡过程——还有癌症等疾病的影响。科学家们已经知道,错误的复制会破坏DNA的稳定,而易发生突变的不稳定基因组可能是癌症发展的早期标志。他们正在进一步研究复制蛋白和癌症之间的联系。
伯杰说:“我认为,一旦我们对这些系统的工作原理和外观有了足够的了解,就有机会对这些系统进行治疗干预。”