对大多数美国人(以及世界各地的人)来说，2001年9月11日的恐怖袭击令人震惊。但对于美国和国际调查人员来说，袭击的警告信号已经酝酿了十多年。下面是在911事件中结出果实的几个关键种子:

　　在20世纪80年代，未来的基地组织领导人，包括奥萨马·本·拉登，艾曼·扎瓦希里和其他人加入了阿富汗对抗苏联的战争，这一经历使他们在接下来的十年里变得更加激进。

　　当苏联在1979年12月入侵阿富汗时，遭到了阿富汗圣战者的激烈抵抗，他们宣布对苏联人发动圣战，或称“圣战”，他们认为苏联人是异教徒。圣战者很快得到了伊斯兰世界其他地区的支持，成千上万的人涌向阿富汗和巴基斯坦，参加或支持阿富汗的抵抗运动。这些支持者包括本拉登和其他未来的极端组织领导人。后勤和战术上的教训以及这些穆斯林抵抗运动领导人之间形成的关系产生了持久的影响。

　　20世纪90年代初，主要由前圣战者组成的原教旨主义伊斯兰组织塔利班在战后的阿富汗掌权。他们于1996年接管了这个国家，建立了一个严酷、专制的政权，为本·拉登提供支持和保护。本·拉登和其他极端分子回到了这个国家，并很快建立了基地组织。

　　基地组织的建立，在一定程度上是为了使原教旨主义伊斯兰教和西方世界之间的斗争全球化。为此，其领导人利用90年代的新通信技术——卫星有线电视台和万维网——向更广泛的穆斯林世界传播他们的圣战信息，吸引皈依者加入他们的事业。

　　基地组织和其他极端组织也在寻求报复，他们认为阿拉伯国家几十年来一直受到西方的虐待。本·拉登和其他人特别提到了1916年的《赛克斯-皮科条约》(Sykes-Picot Treaty)，这是第一次世界大战期间的一项秘密谈判，瓜分了奥斯曼帝国，并在中东建立了新的阿拉伯国家。它的意图是:否认这些州的自治，并将它们置于英国和法国的控制或影响之下。

　　“与我们几十年来所经历的相比，美国现在所经历的微不足道，”本·拉登在911事件后的第一次演讲中说。“伊斯兰世界80年来一直在品尝这种羞辱和堕落。”彼得·卑尔根(Peter Bergen)在《展望》杂志(Prospect Magazine)上写道，赛克斯-皮科协议“(对本·拉登)产生的共鸣，与1919年的凡尔赛条约对希特勒产生的共鸣是一样的”。必须报复和扭转这种局面。”

　　对本·拉登来说，这种“羞辱”的一个主要例子是1991年波斯湾战争期间，美国和联军在沙特阿拉伯(伊斯兰教一些圣地的所在地)对当时的伊拉克领导人萨达姆·侯赛因的打击。他以此为借口，宣布对美国发动圣战。

　　本拉登和其他一些人也对他们的祖国持高度批评态度，因为他们的专制政权残酷镇压了不同的声音。他们的圣战计划包括推翻这些政权，他们认为这些政权是背弃了穆斯林原则的叛教者。

　　本拉登认为，打击美国的“远敌”将迫使这个超级大国完全撤出中东，让基地组织等极端分子从包括沙特阿拉伯、埃及和其他穆斯林国家在内的“近敌”手中夺取控制权。迈克尔·斯科特·多兰(Michael Scott Doran)在2002年出版的《外交事务》(Foreign Affairs)杂志上写道:“与美国的战争本身并不是一个目标，而是一种工具，旨在帮助他的极端伊斯兰品牌在信徒中生存和发展。”“简而言之，美国人被卷入了别人的内战。”

　　1993年2月，世界贸易中心发生爆炸，这是圣战分子第一次在美国本土发动袭击，造成6人死亡，1000多人受伤。当局很快就逮捕了几名伊斯兰恐怖分子，但主谋拉姆齐·艾哈迈德·优素福直到两年后才被逮捕，当时调查人员发现了更多恐怖主义阴谋的证据，包括计划暗杀教皇约翰·保罗二世和轰炸美国客机。这些策划者还与埃及极端分子奥马尔·阿卜杜勒·拉赫曼(Omar Abdel Rahman)有联系，此人被称为“盲人酋长”(Blind Sheik)，后来因密谋摧毁纽约市的几处地标而被定罪。

　　整个20世纪90年代，本·拉登、谢赫·穆罕默德和其他人在中东和非洲资助并建立了恐怖分子训练中心，并在德国汉堡等西方城市设立了训练新成员的小组。但直到1996年，中央情报局才成立了一个名为“亚历克站”的单位来追踪本·拉登。同年，本·拉登宣布对美国发动圣战;第二年，在他第一次接受西方电视记者(CNN的Peter Arnett)的采访时，他清晰地阐述了基地组织针对美国的计划。

　　直到1998年8月美国驻肯尼亚和坦桑尼亚大使馆发生爆炸事件，造成200多人死亡后，美国调查人员才开始怀疑优素福等人与奥萨马·本·拉登和基地组织有联系。事实上，优素福的叔叔是哈立德·谢赫·穆罕默德，基地组织的高级成员，也是9/11袭击的主谋，当时9/11袭击的计划已经在进行中。

　　在20世纪90年代，执法机构有多次机会阻止阴谋，但都失败了——因为缺乏协调的情报共享，官僚内斗，以及未能掌握手头威胁的绝对范围。《幽灵战争:中情局、阿富汗和本·拉登秘史》一书的作者史蒂夫·科尔说:“我认为，国家为防止基地组织恐怖主义而集结的资源与威胁的规模不成比例。”“这个问题确实出现在布什政府的头九个月，但主要是在克林顿政府期间萌发的。”

　　情报界的一些人不相信阿拉伯极端分子有足够的协调，可以共同策划大规模袭击，尽管他们曾在阿富汗合作迫使苏联撤军。即使基地组织的袭击范围不断扩大，各机构也不愿完全承认该组织与以前的恐怖分子有所不同，因为他们愿意大规模杀害平民。

　　即使是那些能够看到更大阴谋轮廓的调查人员，也几乎没有得到最高层的支持，也没有得到进行全面调查所需的时间、资金和支持。当美国确实对基地组织发动报复性袭击时(包括2000年10月美国科尔号军舰在也门被炸之后)，这些袭击的范围有限，以至于本·拉登和其他人感到有胆量推进9/11计划。

　　正如科尔所说，“他们很幸运。如果这次袭击的规模被阻止了——即使劫机被限制在一架飞机上——它也不会像9月11日那样改变美国的历史进程……这是他们最高的军事成就。如果它被阻止了，历史可能会朝着不同的方向发展。”